Les Presse-papiers de CopyPaste peuvent contenir toutes sortes de données de toutes les tailles sans restrictions, mais…
• Certains Logiciels, comme le programme de musique "Alchemy", ne transmettent pas leur Presse-papiers aux autres applications, ce qui empêche CopyPaste d'y accéder. Écrivez aux programmeurs de ce logiciel. Cela ne leur coûtera qu'une ligne de code de programmation pour transférer toutes les données dans le Presse-papiers.
• Certaines applications ne copient qu'une partie de leurs données dans le Presse-papiers. Un traitement de texte pourrait par exemple n'y copier que du texte pur sans ses attributs de format. Dans ces applications vous perdez les informations de police et de taille de caractère .MS WORD 4.x-5.x, par exemple,  vous autorise dans ses réglages d'utiliser le format RTF dans le Presse-papiers et de toujours interpréter RTF. Les attributs de format sont ainsi conservés dans tous les Presse-papiers.
• D'autres applications possèdent leur propre fonction d'affichage des menus qui empêche celle de CopyPaste de fonctionner. Dans les réglages de CopyPaste, il vous est possible de remplacer cette fonction d'affichage par celle du système (activez pour cela "System MDEF". Vous perdez en cela l'affichage de certaines fonctions du clavier ou autres. (la fonction n'est pas perdue, seulement son affichage)
• Il existe certaines extensions qui, comme CopyPaste, modifient les fonctions des menus. Cela peut provoquer des problèmes en rapport avec CopyPaste. Magic Menu d'	Aladdin crashe lorsque CopyPaste est installé. Popup Folder 2.0.1 efface les messages d'alerte en quittant ses propres routines et interdit les fonctions de menu de CopyPaste. Il existe aussi un logiciel de fax qui, combiné à CopyPaste, provoque le chaos dans la barre des menus. Pour résoudre ces problèmes, essayez ceci: déposez l'extension à l'origine des problèmes dans le dossier extensions de votre système. Tapez un espace en tête du nom de l'extension. Elle sera ainsi chargée loin de CopyPaste et quelques problèmes seront résolus. Si cela ne marche pas, vérifiez dans les réglages de l'extension s'il est possible de désactiver la fonction Menus. Si cela ne marche toujours pas, désactivez le "support menu" dans les réglages de CopyPaste. Bien entendu vous ne trouverez plus la commande "affichage des Presse-papiers" dans les menus. Vous pouvez malgré tout ouvrir la fenêtre et les réglages de CopyPaste en utilisant la combinaison clavier: Commande+C+clic. Vous pouvez également effacer les préférences CopyPasteData du dossier Préférences de votre système.
• Certaines applications utilisent la combinaison clavier Commande+Tab pour passer d'une donnée à une autre. Cette combinaison, reconnue par CopyPaste, vous transférera sur le sélecteur d'applications. Pour l'éviter, il vous faut désactiver le sélecteur d'applications dans les réglages.
• Certains logiciels comme HyperCard, Ragtime ou QuarkXpress utilisent la combinaison Ctrl+souris pour leurs propres fonctions. Dans ce cas la fonction "sélection-collage" est par défaut désactivée dans les réglages.
• Certaines extensions ne seront pas reconnues par le gestionnaire d'extensions du système 7.5. Certains programmes en tâche de fond comme HP Background sont de ceux-là. Si vous cherchez à solutionner certains conflits d'extensions, il vous faudra assainir le système manuellement. N'oubliez pas le dossier de démarrage. Sachez que jusqu'à présent nous n'avons pas entendu parler de problèmes lorsque CopyPaste a été installé dans un système sain.